Ανεξήγητη υπογονιμότητα αποκαλείται η αποτυχία να προσδιοριστεί μια σαφής αιτία για την πρόκληση υπογονιμότητας ύστερα από έναν πλήρη έλεγχο και των δύο συντρόφων. Κατά προσέγγιση, το 15% των περιπτώσεων υπογονιμότητας είναι ανεξήγητης αιτιολογίας.

Πολλές φορές κατά τον έλεγχο των αιτίων υπογονιμότητας και στους 2 συντρόφους δεν εντοπίζεται ένας σημαντικός παράγοντας, αλλά διάφοροι παράγοντες μικρότερης σημασίας. Οι ήπιοι αυτοί παράγοντες, ιδιαίτερα όταν συνυπάρχουν περισσότεροι από ένας και συνδυάζονται, μειώνουν τη μηνιαία πιθανότητα επίτευξης εμπιστοσύνης σημαντικά.
Δείτε το πιο κάτω μοντέλο, που φτιάχτηκε από Αυστραλούς επιστήμονες, σχετικά με το πώς επηρεάζεται η γονιμότητα από την ύπαρξη πολλών ήπιων παραγόντων υπογονιμότητας:

Όταν λέμε ήπιοι παράγοντες υπογονιμότητας, εννοούμε τους πιο κάτω:

• Ενδομητρίωση
• Συμφύσεις
• Ήπια προβλήματα στο σπέρμα
• Ινομυώματα
• Αθξημένη ηλικία της γυναίκας
• Χαμηλή ποιότητα ωαρίων
• Πολυκυστίκες Ωοθήκες σοβαρής μορφής
• Ανωμαλίες στη μήτρα  π.χ. διάφραγμα κ.ά.

Η διάγνωση της ανεξήγητης υπογονιμότητας δεν είναι ακριβής εκτός εάν έχει διεξαχθεί λαπαροσκόπηση, ώστε να αποκλεισθεί η περίπτωση ύπαρξης νόσων, όπως η ενδομητρίωση ή οι συμφύσεις. Η ανεξήγητη υπογονιμότητα μπορεί να έχει σχέση με την δυσλειτουργία των ωαρίων και του σπέρματος και πολλές από αυτές τις παθήσεις μπορούν να θεραπευτούν επιτυχώς μέσω εξωσωματικής γονιμοποποίησης και άλλων σχετικών αγωγών.